Suomenlinnan Venekerho perustettiin Suomenlinnaseuran alaisena venekerhona keväällä 1972. Tuolloin kerhoon liittyi 16 jäsentä. Kerho sai nimekseen Suomenlinnaseura r.y:n Venekerho. Vuonna 1976 kerhon purjehtijajäsenet perustivat oman kerhonsa, Suomenlinnan Pursiseuran. Keväällä 1985 perustettiin muodollisesti Suomenlinnan Venekerho r.y. -niminen rekisteröity yhdistys, jonka säännöt ilmoitettiin yhdistysrekisteriin. Säännöt tulivat voimaan 6.3.1986. Merenkulkuhallitus hyväksyi venekerhon erikoislipun käyttöönotettavaksi toukokuussa 1987.

Suomenlinnan Venekerho r.y:n lipun tunnuskuvan on suunnitellut heraldikko Juhani Vepsäläinen. Tunnus viittaa Suomenlinnan merelliseen historiaan. Pääkuvio on Suomenlinnassa Ehrensvärd-museon pihalla oleva F.H. av Chapmanin n. 250 vuotta sitten rakennuttaman saaristolaivaston aluksen ”Lodbrokin” jäljelle jäänyt ankkuri. Saatteena olevat kruunut ovat kruunulinna Ehrensvärdin porteissa olevista pyöreistä graniittikilvistä.

Venekerhon toiminnan aikana sen kommodoreina ovat olleet

1972–1983Kalle Jokela
1983–1985Esko Jaatinen
1985–1989Antonio Veltheim
1989–1991Risto Heikkilä
1991–2002Ahto Sippola
2002–2008Jorma Salovaara
2008–2010Olli Varjonen
2010–2014Jorma Vilokkinen
2014–2015Mika Karvonen
2015–2016Markus Kivelä
2016–2019Pekka Ritonen
2019–Jesse Jokinen